Le SISU est né en 1998 du regroupement, informel, de 3 associations : l’AGI, le GIAA apiDV et CESENS-Est.

Ce partenariat avait comme objectif de rassembler un maximum de moyens et de développer une démarche collective et cohérente dans la prise en charge d’étudiants en situation de handicap. En septembre 2001, cette création s’est officialisée en devenant une association.

Depuis, d’autres associations se préoccupant d’intégration scolaire s’y sont associées comme le Centre d'Education pour Déficients Visuels, l'Institut des Sourds de la Malgrange, l'Association Fondation BOMPARD et ASPERGER 88.

Entre 2001 et 2004 fut mis en place un contrat entre le SISU et les universités de Lorraine. Entre 2005 et 2008, le service prit une dimension régionale en s’intégrant sur les sites universitaires de Metz.